V oddaljeni prihodnosti ljudje ne naseljujejo več Zemlje. Vzrok za njihovo izginotje ni znan, toda njihova odsotnost je pustila praznino, pripravljeno na zapolnitev s strani drugega inteligentnega bitja.
Razvila se je vrsta čebele ki bo zapolnila to praznino. Čebele so se povečale po velikosti, ter razvile inteligenco. Imenujejo se Mellifera in naredile so pomembne tehnološke napredke poleg tehnologije, ki so jo prilagodile iz človeških razvalin, vključno s potovanjem v vesolje.
V igri Apiary vsak igralec nadzoruje eno izmed dvajsetih edinstvenih frakcij. Tvoja frakcija začne igro s panjem, nekaj viri in delavskimi čebelami. Igra, ki temelji na postavitvi delavcev in gradnji panjev, te čaka: raziskuj planete, zbiraj vire, razvijaj tehnologije in ustvarjaj rezbarije, da dokažeš moč svoje frakcije. Vendar se približuje pomanjkanje, in tvoji delavci lahko opravijo le nekaj akcij, preden morajo hibernirati! Ali lahko uspeš ali preprosto preživiš?